Переход на программный бюджет и программно-целевое управление в Российской Федерации был связан с принятием Программы Правительства РФ по повышению эффективности бюджетных расходов на период до 2012 года, утвержденной распоряжением Правительства РФ от 30 июня 2010 г. №1101-р. Начиная с 2010 года программный бюджет является одним из основных направлений федеральной бюджетной политики.